Обзор файловой структуры

Папки:

user_cms (ранее engine) - ядро системы, с расширениями по умолчанию, эта папка не нужно трогать, если обновлять не собираетесь, то ставьте права только на чтение.
themes (ранее templates) - темы сайта
tmp (ранее не было такой папки) - временные файлы (логи, кэш и др)
uploads - (ранее media) - файлы загружаемые пользователями и расширениями
modules - папка для модулей системы (плагины, компоненты и др), где находятся их код (mvc), файлы настроек (ini), однако изображения и другие большие файлы нужно хранить в папке uploads

Файлы в корне: